会社売却の税金はいくら？株式譲渡と事業譲渡の手取りを計算で比べる

01会社売却の税金は？株式譲渡なら譲渡益の20.315%が基本

会社売却の税金は、誰が何を売るかで大きく変わります。社長（株主個人）が自分の持つ株式を買い手に売る株式譲渡では、税金を払うのは社長個人です。国税庁タックスアンサー1463番は、株式等の譲渡所得等を「総収入金額（譲渡価額）－必要経費（取得費＋委託手数料等）」で計算し、税率を20%（所得税15%、住民税5%）としています。これに復興特別所得税（所得税額の2.1%）が加わり、合計は譲渡益の20.315%です。

一方、会社が自分の事業を買い手に売る事業譲渡では、売却代金を受け取るのは会社です。会社の利益として法人税などがかかり、そのお金を社長個人が受け取るには、配当や役員退職金などの形でもう一度税金がかかります。

02株式譲渡と事業譲渡で、誰にどの税金がかかるか

株式譲渡は、会社そのもの（株式）の持ち主が変わる取引です。会社は残り、社長は株を手放した代金を受け取ります。事業譲渡は、会社が事業（設備、在庫、取引先との契約、従業員など）を買い手に移す取引で、代金は会社に入り、株主は変わりません。

株式譲渡のほうが税金が少なく見えやすいのは、課税が1回で終わり、税率が一定だからです。事業譲渡は、会社の段階と個人の段階で2回課税され得ます。ただし、事業譲渡には「残したい事業や資産を会社に残せる」「買い手が引き継ぐ債務を限定できる」などの理由で選ばれる場面もあり、税金だけで決まるものではありません。

法人税率と実効税率の確認

国税庁タックスアンサー5759番によると、普通法人の法人税率は23.2%で、資本金1億円以下の法人などは年800万円以下の部分が15%（所得が年10億円を超える事業年度は17%）です。財務省は、国・地方を合わせた法人実効税率を29.74%とし、防衛特別法人税の課税対象になる場合は30.64%になると注記しています。この記事の事業譲渡の試算では、わかりやすさのため会社の税率を仮に30%と置きます。

03株式譲渡の税金の計算式：20.315%の内訳と、2027年分からの変化

非上場会社の株式は「一般株式等」に当たり、その譲渡益は給与などほかの所得と分けて計算する申告分離課税です（1463番）。税率は一定で、譲渡益が大きくなっても累進で上がることはありません。

2027年分からの内訳の変化

令和8年度税制改正で防衛特別所得税が創設されました。国税庁の「防衛特別所得税及び復興特別所得税（源泉徴収関係）Q&A」（令和8年5月）は、復興特別所得税の税率を1.1%（改正前2.1%）に引き下げ、課税期間を令和29年12月31日まで延長したうえで、「改正前（復興特別所得税の税率２．１％）と改正後（防衛特別所得税の税率１％及び復興特別所得税の税率１．１％）とで、合計税率（２．１％）に変更はありません」としています。適用は令和9年（2027年）1月1日以後に生ずる所得です。

04取得費と譲渡費用：仲介手数料は差し引ける？取得費が分からないときの5%

譲渡益は「譲渡価格−取得費−譲渡費用」です。取得費について国税庁タックスアンサー1464番は、「株式等を取得したときに支払った払込代金や購入代金」で、購入手数料（その消費税を含む）や名義書換料なども含むとしています。設立から株を持つ社長なら、設立時や増資のときに払い込んだ金額が出発点です。相続や贈与で受け取った株は、前の持ち主の取得費を引き継ぎます。

取得費が分からないとき：売却代金の5%

1464番は、「取得費が分からない場合には、同一銘柄の株式等ごとに、取得費の額を売却代金の5パーセント相当額とすることも認められます」としています。古い会社で払込の記録が残っていない、先代から引き継いだ経緯が分からない、という場合に使います。

仲介手数料は譲渡費用になるか

1463番は、必要経費を「取得費＋委託手数料等」としています。譲渡費用の考え方について、3255番（土地や建物を売る場合の説明が中心）は、譲渡費用を売るために直接かかった費用とし、例の一つに「仲介手数料」を挙げる一方、資産の維持・管理の費用や「売った代金の取立てのための費用」は譲渡費用にならないとしています。

この考え方に沿うと、社長個人が自分で支援会社と契約し、自分で払った仲介手数料は、株式を売るために直接かかった費用として差し引く方向になります。消費税は、個人が払った税込の額で考えます（1464番の取得費でも購入手数料の消費税を含むとしています）。一方、会社が契約して会社が払った手数料は、社長個人の譲渡費用にならない可能性があります。契約の名義と支払いの名義をそろえる必要があるため、契約前に税理士に確認してください。

このように、手数料を差し引けるかどうかは、手数料の額 × 20.315%の差になって返ってきます。支援会社との契約書の当事者欄、請求書の宛名、振込の名義が社長個人になっているか、売却の前に確かめておきましょう。会社と個人の両方が契約する形の支援会社もあるため、どの費用を誰が払うかを契約書で切り分けておくと、申告のときに説明しやすくなります。

05独自試算：譲渡価格1億・3億・5億円の税額と手取り

国税庁タックスアンサー1463番の計算式と税率（2026年11月8日確認）を使い、譲渡価格を1億円・3億円・5億円として、社長個人の税額と手取りを計算しました。仮定は次のとおりです。数字はすべて検算しています。

• 取得費：設立時の払込額1,000万円（証明できるものとする）
• 仲介手数料（譲渡費用）：レーマン方式で5億円以下の部分5%と最低報酬2,000万円を置き、大きいほう（1億円・3億円は2,000万円、5億円は2,500万円）。消費税10%を含めた税込額（2,200万円・2,750万円）
• 税率：20.315%（所得税15%、復興特別所得税0.315%、住民税5%）。端数処理は省略
• 社長にほかの譲渡所得・損失はなく、特例は使わないものとする

表から読み取れるのは、税率が一定でも、手取りの割合は譲渡価格で変わることです。理由は手数料です。最低報酬がある場合、譲渡価格1億円では手数料（税込2,200万円）が価格の22%を占め、手取りの割合を押し下げます。手数料そのものの比較は、M&Aの手数料は誰が払う？で扱っています。

06事業譲渡の税金：会社に法人税と消費税がかかる

事業譲渡では、会社が資産を一つずつ売る形になります。対価から譲渡した資産・負債の帳簿価額と手数料を引いた額が会社の所得を増やし、その期のほかの損益と合わせて法人税・地方法人税・法人住民税・事業税がかかります。会社の確定申告は、事業年度終了の日の翌日から2か月以内です（法人税法74条1項）。

消費税：資産の種類で課税・非課税が分かれる

国税庁タックスアンサー6201番は、土地（借地権などを含む）の譲渡を非課税取引としています。事業譲渡の対価のうち、土地の部分は非課税、建物・設備・在庫などの部分は課税です。課税の部分は、会社が買い手から消費税を受け取り、申告して納めます。対価の内訳は買い手の仕入税額控除にも関わるため、契約で資産ごとの金額を決めておきます。株式譲渡では、株式の譲渡そのものが非課税なので、この問題は起きません。

07会社に残ったお金を個人に移すと：配当は総合課税で税率が上がる

国税庁タックスアンサー1330番によると、非上場株式の配当は総合課税の対象で、支払時に20.42%（所得税・復興特別所得税）が源泉徴収され、申告分離課税や確定申告不要制度は選べません（1回の配当が一定額以下の少額配当を除く）。総合課税なので、所得税は 2260番 の速算表の累進税率（最高45%）で計算し、配当控除（1250番）を差し引きます。

差が大きいのは、事業譲渡では会社で約30%、個人で約48%（この例の配当にかかる税額÷配当額）と2回課税されるためです。実際には、配当を何年かに分ける、役員報酬や退職金と組み合わせる、会社を清算して分配するなどの方法があり、税額は変わります。清算や分配の計算は複雑になるため、税理士に試算を依頼してください。

08役員退職金を組み合わせる考え方：退職所得は「控除して1/2」

株式譲渡の前に、会社から社長に役員退職金を払い、その分だけ株式の譲渡価格を下げる方法があります。退職金は退職所得として、ほかの所得と分けて課税されます。国税庁タックスアンサー1420番の計算式は「（収入金額－退職所得控除額）× 1／2 ＝ 退職所得の金額」です。

注意点が2つあります。1つ目は、役員等としての勤続年数が5年以下の人が受ける退職金（特定役員退職手当等）は、1/2の計算が適用されないことです（1420番）。2つ目は、会社側の損金です。法人税法施行令70条2号は、退職した役員への退職給与のうち、業務に従事した期間、退職の事情、同種・類似規模の法人の支給状況などに照らして相当と認められる金額を超える部分を、損金に算入しない過大な役員給与としています。金額の決め方は税理士に確認してください。

この例で差が小さいのは、退職金1億円にかかる税額（約1,888万円）の割合が約18.9%で、株式譲渡の20.315%と大きくは違わないためです。勤続年数が長いほど退職所得控除が大きくなり、退職金の額が小さいほど低い税率帯に収まるため、効果は人によって変わります。税理士に複数の金額で試算してもらって比べてください。

09確定申告の時期と手順：売った翌年の2月16日〜3月15日

国税庁タックスアンサー2020番によると、所得税の確定申告の期間は「原則として、その年の翌年2月16日から3月15日まで」で、申告と納付の期限は原則として翌年3月15日です。2026年中に株を売った場合は、2027年3月15日までに申告・納付します。非上場会社の株式の譲渡益は、社長個人が自分で申告します。

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   売却の前：取得費の資料を集める

   設立時・増資時の払込の記録、株を買い取ったときの契約書、相続の資料。見つからない場合は概算取得費（5%）との比較を税理士に依頼します。

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   売却の前：契約の名義を確かめる

   仲介手数料を社長個人の譲渡費用にしたい場合、支援会社との契約・請求・支払いが個人名義になっているかを確かめます。

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   売却時：代金と費用の記録を残す

   株式譲渡契約書、代金の入金記録、仲介手数料の請求書と領収書。

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   納税資金を分けておく

   譲渡益の20.315%を目安に、翌年3月15日の納付まで手を付けない口座に分けます。

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   翌年2月16日〜3月15日：確定申告と納付

   一般株式等の譲渡所得として申告分離課税で申告します。

10手取りを左右する手数料の支払い時期

手取りの計算では、仲介手数料を「売却代金から払う」前提で考えがちです。しかし契約によっては、着手金や中間金を売却代金が入る前に払います。事業譲渡で会社が払う場合や、買い手として手数料を払う会社では、手元資金との兼ね合いが問題になります。

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11会社売却の税金で確かめることと、この記事のまとめ

• 社長が株を売る株式譲渡の税金は、譲渡益（譲渡価格−取得費−譲渡費用）の20.315%（所得税15%、復興特別所得税0.315%、住民税5%）。国税庁1463番
• 取得費は払込代金・購入代金。分からないときは売却代金の5%も認められる（1464番）
• 社長個人が払った仲介手数料は、売るために直接かかった費用として差し引く方向。会社が払った場合は税理士に確認
• 独自試算では、手取りは譲渡価格1億円で約6,419万円、3億円で約2億2,356万円、5億円で約3億7,854万円
• 事業譲渡は会社に法人税などがかかり、個人に移すときに配当なら総合課税。3億円の例で全額を配当すると手取りは約1億1,651万円
• 役員退職金は（収入−退職所得控除）×1/2で課税。組み合わせの効果は人によって違うため試算して比べる
• 株式譲渡の申告は翌年2月16日〜3月15日。納税資金を取り分けておく

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