M&Aの仲介手数料は補助金で賄える？事業承継・M&A補助金の対象経費

01M&Aの仲介手数料は補助金の対象になる：専門家活用枠のしくみ

M&Aの仲介会社やFA（ファイナンシャル・アドバイザー）に払う手数料は、中小企業庁の事業承継・M&A補助金の「専門家活用枠」で補助対象経費になります。この補助金は以前「事業承継・引継ぎ補助金」の名称で公募されていたもので、検索するとどちらの名前でも出てきます。2026年11月8日時点の公式サイトは「事業承継・M&A補助金」で、最新の公募は16次公募（2026年9月公開の公募要領 Ver.1.0）です。この記事の数字は、すべてこの16次公募の公募要領・パンフレット・説明会資料・よくある質問から取っています。

公募要領は、専門家活用枠を「事業再編・事業統合に伴う中小企業者等の経営資源の引継ぎに要する経費の一部を補助する事業」と位置づけています。買い手として株式や事業を譲り受ける会社は「買い手支援類型（Ⅰ型）」、売り手として譲り渡す会社は「売り手支援類型（Ⅱ型）」に申請します。同じM&Aで、買い手と売り手がそれぞれ1申請ずつ出すこともできます。

つまり「仲介手数料が補助されるか」の答えは条件付きでイエスです。条件は大きく3つあります。①仲介・FAがM&A支援機関登録制度に登録されていること、②仲介・FAとの契約を交付決定の後に結び、最終契約と支払いまでを補助事業期間内に終えること、③補助金は後から入るので、支払いのお金を先に自社で用意できること。この記事では、この3つを公募要領の記載どおりに順に確かめ、仲介手数料の金額から補助額を計算します。

0216次公募のスケジュールと採択の実績

補助金は「いつでも申し込める」制度ではありません。公募回ごとに申請期間が決まっていて、採択・交付申請・交付決定を経てから事業を始めます。16次公募のパンフレットと公募要領に書かれた日程は次のとおりです。

2026年11月8日時点で、公式サイトに掲載されている公募は16次までで、16次の申請受付はすでに終わっています。これから申請を考える会社は、次の公募の要領が出るのを待ち、その日程に合わせてM&Aの段取りを組むことになります。補助金のために取引を遅らせるかどうかは、取引の相手や時期との兼ね合いで決める話です。

採択と交付決定は別もの

よくある質問（16次・専門家活用）は「採択は事業計画が補助金の趣旨に沿っており、交付申請する権利を保障するもので採択と交付決定は同意でありません」と書いています。採択の通知が届いても、交付申請をして交付決定を受けるまでは仲介・FAとの契約を結んではいけません。交付決定前に事業を開始した場合は補助対象になりません。

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   GビズIDプライムを取得する

   申請はJグランツの電子申請だけ。アカウント発行には1〜2週間、混雑時は3週間程度かかると公募要領にあります。

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   見積を取り、公募申請する

   申請時の経費は概算でもよいが、申請時に計上した額が上限になります（よくある質問）。

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   採択の通知を受ける

   16次は2026年12月下旬の予定。

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   交付申請をして交付決定を受ける

   交付申請時には見積書が必要で、その見積書をもとに交付決定されます。

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   交付決定後に仲介・FAと契約し、M&Aを進める

   基本合意・最終契約・クロージング・支払いまでを補助事業期間内に。

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   実績報告を出し、確定検査を受ける

   事業完了日から30日を経過した日か、完了期限日から10日を経過した日の早いほうまでに提出。

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   補助金が振り込まれる

   額が確定した後の精算払い。

直近4回の申請件数と採択件数

事業承継・M&A補助金の公式サイトは、各公募回の採択を決めた日に、枠ごとの申請件数と採択件数をお知らせ欄に載せています。当社でこれを公募回ごとに書き出し、採択率（採択件数÷申請件数）を計算しました。

4回とも採択率は6割強で、大きな差はありませんでした。裏返すと、申請しても約4割は採択されていないということです。公募要領は審査の加点事由（賃上げなど）を定めていますが、加点の配分や不採択の理由は公表されていません。補助金を前提に資金計画を組むと、不採択のときに計画が崩れます。

03この記事のデータの集め方：4つの類型を並べた整理表

専門家活用枠の公募要領は、16次公募では3冊に分かれています。「買い手支援類型 売り手支援類型」「買い手支援類型 100億企業特例」「小規模売り手支援類型」です。パンフレットと説明会資料にも概要表がありますが、注記が別々のページに散っています。そこで当社で、3冊の公募要領の「10. 補助上限額、補助率等」の表と注記を読み、1つの表にまとめ直しました。

• 対象：事業承継・M&A補助金 専門家活用枠（16次公募）の公募要領3冊、パンフレット、説明会資料、よくある質問
• 確認日：2026年11月8日（公式サイト shoukei-mahojokin.go.jp に掲載されていたもの）
• 整理した項目：補助率、補助下限額、補助上限額、DD費用の上乗せ、廃業費の上乗せ、M&Aが成約しなかったときの上限と対象経費
• 数字は公募要領の記載どおり。公募要領と説明会資料で書き方が違う所は、公募要領を優先し注記に書いた

表のとおり、多くの中小企業が使うのは左の2列、買い手支援類型と売り手支援類型です。補助上限はどちらも600万円で、DD費用を計上する場合に200万円が上乗せされます。よくある質問は、この上乗せ後の上限を「DD費用上乗せ時：補助上限額800万円」と書いています。M&Aが成約しなかった場合は上限が300万円に下がり、対象経費も絞られます。

売り手の補助率が2/3になる条件

売り手支援類型の補助率は原則1/2以内ですが、次のどちらかに当てはまると2/3以内に上がります。①物価高等の影響で営業利益率が低下している（直近の申告済み事業年度と2期前の比較、または任意の連続する3か月の前年同期比較で低下）、②直近決算期の営業利益または経常利益が赤字。申請時には「営業利益率低下に関する計算書」（Excel）を出します。

04補助を受けられる会社：中小企業の定義と対象外になる会社

補助対象者は、公募要領「5. 補助対象者」の（1）〜（17）の要件を満たし、最終契約書の当事者になる（予定を含む）中小企業者等です。売り手の株式譲渡では、株式を発行している会社（対象会社）と、議決権の過半数を持つ株主（支配株主）または株主代表が共同で申請します。

対象外になる主なケース

• 資本金・出資金5億円以上の法人に、直接・間接に100%の株式を持たれている法人
• 直近3年分の課税所得の年平均額が15億円を超える中小企業者等
• みなし大企業（同一の大企業が株式の2分の1以上を所有、大企業が3分の2以上を所有、役員の2分の1以上が大企業の役員・職員を兼ねる、など）
• 法人で、申請時点で設立登記と3期分の決算・申告が終わっていない
• 個人事業主で、開業届と青色申告承認申請の提出から5年が経っていない
• 過去に経営資源引継ぎ補助金・事業承継・引継ぎ補助金を受け、事業化状況報告を出していない

もう1つ、M&Aそのものの条件もあります。公募要領は、実質的な事業再編・事業統合が行われていないと事務局が判断した場合（例：物品・不動産だけの売買、グループ内の事業再編、親族内の事業承継）は補助対象外としています。親族や社内への承継の費用は、この枠では対象になりません。

また買い手支援類型では、補助対象経費に計上するかどうかに関係なく、デュー・ディリジェンス（DD）を実施することが要件です。DD費用を計上しない場合でも、実績報告のときに実施の証憑を求められます。

05対象経費と対象外経費：仲介手数料・FA費用・DD費用の扱い

専門家活用枠の補助対象経費は、謝金、旅費、外注費、委託費、システム利用料、保険料（＋売り手・買い手の廃業費）に区分されます。M&Aの仲介手数料やFA費用は、このうち委託費に入ります。公募要領（別紙）は委託費の中身を費用形態ごとに例示しています。

対象にならない主な経費

• FA・仲介契約を結ぶ前のコンサルティング費用
• 再生計画書の作成や、M&Aに伴う債務整理（法的整理・私的整理）の費用
• バリューアップや、M&A成立後の経営改善のためのコンサルティング費用
• PMI費用など、クロージング後に発生する費用
• バーチャルデータルームなどファイル共有・データストレージの使用料
• 補助金の申請書類の作成を行政書士に頼んだ費用、実績報告書の作成費用
• 振込手数料、為替差損、消費税・地方消費税

消費税は補助対象経費から差し引くので、計算はすべて税抜で行います。よくある質問も、補助対象経費は税抜額で記入するよう求めています。

DD費用は「補助額ベースで200万円」が目安

DD費用は、対象経費に補助率をかけた額で200万円を超えない金額で申請するよう公募要領（別紙）に書かれています。ただし有資格者が行う財務DD・税務DD・法務DDなどを複数行い、補助額ベースで200万円を超える場合は、DD1種につき補助額ベースで200万円までを認める場合がある、とされています。DD費用とFA・仲介費用は、見積でも契約でもはっきり分けておく必要があります。分け方が不明確だと、登録業者の支援分しか対象になりません。

06登録支援機関の費用だけが対象になる理由と確かめ方

公募要領は、委託費のうちFA業務または仲介業務に関わる相談料・着手金・中間報酬・成功報酬などについて、「M&A支援機関登録制度」に登録された登録FA・仲介業者が支援したものに限り補助対象とする、と定めています。パンフレットは、この条件がかかる費用として相談料、着手金、マーケティング費用、リテーナー費用、基本合意時報酬、成功報酬、価値算定費用、DD費用（プレPMI費用を含む）を挙げています。

登録制度そのものは、中小企業庁が令和3年8月に創設した、中小企業向けにM&A支援業務を行う事業者の登録制度です（制度の詳しい中身はこの記事では扱いません）。登録先は、登録制度の公式サイト（ma-shienkikan.go.jp）の「登録支援機関データベース」で検索できます。

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   登録支援機関データベースで社名を検索する

   仲介・FAの候補が登録されているかを確かめます。

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   交付決定の時点でも登録が続いているかを確かめる

   公募要領は、登録の要件確認は交付決定時とすると書いています。

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   見積と契約書で、FA・仲介費用とDD費用を分ける

   分け方が不明確だと、登録業者の支援分しか対象になりません。

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   情報提供に同意しておく

   補助を使うと、利用した登録業者の情報が事務局から登録制度事務局に提供され、登録業者からも実績報告がされます。

07契約・最終契約・支払いの時期：補助対象になる順番

補助対象経費の要件は、公募要領「9. 補助対象経費」で、①補助対象事業に必要と特定できる経費、②補助事業期間内に契約・発注を行い支払った経費、③実績報告の証拠書類で金額・支払いを確認できる経費、の3つとされています。注記（注1）は、契約・発注が交付決定日以降かつ補助事業期間内で、支払いまで同期間内に完了していることを求めています。

仲介・FA費用の成功報酬には、さらに条件があります。補助事業期間内に、A. 選任専門家と契約書を締結し、C. 交渉相手と最終契約書を締結し、そのうえで期間中に支払ったものが対象です。中間報酬は、A. 専門家との契約と、B. 交渉相手との基本合意書の締結（意向表明書は不可）が期間内に必要です。仲介・FAとの契約書に、基本合意時・最終契約時に報酬を払う旨が書かれていることも条件です。

ケース④のように、最終契約まで期間内に終えても、成功報酬の支払いが補助事業期間の後にずれると対象外です。成功報酬はクロージングに合わせて払う契約が多いので、クロージングの日が補助事業の完了期限より後にずれないかを、最初の段階で確かめておく必要があります。

交付決定の前に仲介契約を結んでいた場合

よくある質問は、交付決定前に仲介・FAと委託契約を結び、支払いは補助事業期間に行う場合について「本補助金の対象にはなりません」と答えています。11次公募以降は、仲介・FA費用も他の経費と同じく、交付決定を受けた補助事業期間内に契約を結ぶ必要があります。

逆に、交付決定の段階でM&Aがかなり進んでいるのに、仲介・FAとまだ契約していなかった場合も注意が要ります。よくある質問は、契約の時期は「事業者と専門家の間で合意が図られた時期」（売り手ならティーザーやIMの作成段階の手前、買い手ならIMによる検討後・基本合意書締結前など）を想定しているとし、最終契約締結前でも専門家契約が未締結なら単なる契約の遅滞とみなされ、対象とできない可能性が高いとしています。

支払い方法の決まり

• 補助事業者名義の口座からの銀行振込、またはクレジットカードの1回払いだけが対象
• 口座から現金を引き出しての振込、手形・小切手、現金払いは対象外
• 仮想通貨、PayPay・Suicaなどキャッシュレスサービスでの支払いは対象外
• 支払いは補助対象事業の事業完了日までに完了していること
• 見積→発注→納品→検収→請求→支払の順を守る（着手金は例外的に検収前の支払いも可）

08仲介手数料で補助額を計算する：公募要領の数字だけで検算

補助額は「補助対象経費（税抜）×補助率」で計算し、補助上限額を超えれば上限額になります。ここでは、成功報酬の金額をレーマン方式（公募要領（別紙）に参照用として載っている表：5億円以下の部分5%、5億円超10億円以下の部分4%……）で置き、補助率と上限は16次公募の数字だけを使って計算します。いずれも1案件の単純な例で、相見積の結果や実際の契約内容で補助額は変わります。

グラフのとおり、買い手支援類型で補助額が上限の600万円に届くのは、対象経費が900万円（600万円÷2/3）のときです。手数料が数千万円規模になる案件では、補助される割合は小さくなります。成功報酬2,500万円なら補助額600万円で、手数料の24%です。反対に、補助下限額は50万円なので、対象経費が補助率2/3なら75万円、1/2なら100万円に届かないと申請できません（よくある質問）。

09相見積とレーマン表：仲介手数料が満額対象にならないケース

見落としやすいのが相見積の決まりです。公募要領（別紙）は、補助対象経費のうち1件50万円以上（税抜）のものは原則2者以上から見積を取り、最低価格を提示した者を選ぶことを求めています。委託費・外注費・システム利用料・保険料は、50万円未満でも原則として相見積が必要です。よくある質問は、相見積で最低価格を出していない者に頼んだ場合「本補助金の対象となりません」と答えています。

条件②で使うレーマン表は、5億円以下の部分5%、5億円超10億円以下の部分4%、10億円超50億円以下の部分3%、50億円超100億円以下の部分2%、100億円超の部分1%です。公募要領は、この表は中小企業庁が定めたものではなく参照用の一般的なものだと断ったうえで、相見積の代わりにレーマン表を使う場合は、原則としてこの表を算定根拠に補助対象経費を計算するとしています。

最低報酬がある仲介会社は相見積を求められる

公募要領（別紙）は、FA・仲介費用に最低報酬額が書かれている場合は相見積の提出を求めるとしています。譲渡額や移動総資産が小さく、レーマン表で計算した額より見積書の最低報酬額のほうが大きい場合も、相見積が必要です。最低報酬を置く仲介会社に頼む予定なら、別の登録業者からも見積を取っておく段取りが要ります。

10補助金は後から入る：手数料の支払い資金をどう用意するか

公募要領10.は「補助金の交付は補助対象事業完了後の精算後の支払い（実費弁済）となる」と明記しています。17.1.によると、実績報告書を出し、事務局が事業内容の検査と経費の確認をして交付額を確定した後に支払われます。つまり成功報酬はクロージング時に全額を自社で払い、補助金はその後に戻ってくる流れです。公募要領は「補助金交付までの間の事業資金に対するつなぎ融資の利用を検討する者は、できるだけ早めに金融機関等に対して相談すること」とも書いています。

成功報酬を分割で払う方法として、当社のPD for M&Aがあります。M&A支援会社へ払う報酬（主に成功報酬）を、報酬を払う会社が最大12ヶ月の分割で払えるサービスで、支援会社は早期に資金化でき、未回収はPROTOCOLが保証します。別途、所定の保証料がかかるため総支払額は一括より多くなり、所定の審査があります。ご利用は法人のお客様が中心で、分割できる範囲・上限・依頼中の支援会社で使えるかは個別にご確認ください。補助金と組み合わせる場合は、上の支払方法と支払時期の決まりがあるため、分割にした報酬が補助対象経費として認められるかを、事前に事務局と支援会社に個別に確かめてください。

11申請前に確かめることと、この記事のまとめ

最後に、仲介手数料に補助金を使う前提でM&Aを進めるときの確認事項をまとめます。日本政策金融公庫などの融資制度や、登録制度の詳しい中身は、この記事では扱いません。税務・会計の扱い（補助金の収益計上の時期など）は個別に専門家へご確認ください。

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   公募の日程を確かめる

   公式サイトで最新の公募回と受付期間を確認し、交付決定の予定時期を把握します。

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   依頼先が登録支援機関かを調べる

   M&A支援機関登録制度のデータベースで検索し、交付決定時点でも登録が続くかを確かめます。

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   契約の時期を支援会社とすり合わせる

   仲介・FAとの契約は交付決定の後。その前に契約すると対象外です。

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   相見積を取る

   2者以上から、費用形態別に分かれた見積を取ります。最低報酬がある会社は相見積が求められます。

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   クロージングと支払いの日を補助事業期間に収める

   成功報酬の支払いが期間後にずれると対象外です。

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   補助金が入るまでの資金を用意する

   消費税を含めた額を先に払います。補助金は確定検査後の精算払いです。

• M&Aの仲介手数料・FA費用・DD費用は、事業承継・M&A補助金（旧 事業承継・引継ぎ補助金）の専門家活用枠で補助対象になる
• 16次公募の補助率は買い手2/3以内、売り手1/2以内（条件付きで2/3以内）。上限600万円、DD上乗せ200万円、廃業費300万円
• 仲介・FA費用は、M&A支援機関登録制度の登録業者が支援したものだけ。確認は交付決定時
• 専門家契約・最終契約・支払いのすべてが交付決定後の補助事業期間内でないと対象外
• 1件50万円以上は原則相見積が必要で、最低価格の者を選ぶ。レーマン表以下の見積なら例外あり
• 補助金は精算払い。成功報酬は消費税を含めて先に自社で払う。12次〜15次の採択率は6割強

M&Aの手数料の支払い方について相談したい場合は、お問い合わせからご連絡ください。誰が手数料を払うのかはM&Aの手数料は誰が払う？で、M&A関連の情報はM&Aのトップページにまとめています。