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M&Aの税金と会計更新 2026.11.08

M&Aの手数料の勘定科目は?売り手・買い手で変わる仕訳と税務の基本

PD担当
結論

株式を買う会社が払う仲介手数料は、法人税法施行令119条により株式の取得価額に加算し、その期の費用にはなりません。売る会社の手数料は支払手数料などの費用です。事業譲受では資産の取得価額に入り、対価が時価純資産を超える部分は資産調整勘定として60か月で損金にします。

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PDPD編集部(株式会社PROTOCOL)・更新 2026.11.08

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    買い手は取得価額に入れる

    株式を買うための成功報酬は、購入の代価に加えて株式の取得価額にします。払った期の損金にはなりません。

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    DD費用は判断が分かれ得る

    条文は「購入のために要した費用」とだけ書きます。DD費用や着手金は目的と時期を記録し、顧問税理士に確認します。

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    事業譲受は資産と資産調整勘定

    購入手数料は資産の取得価額へ。対価が時価純資産を超える部分は一定の場合に資産調整勘定とし60か月で損金に。

  4. 04/ 05

    売り手は費用、計上は契約日

    売る会社の手数料は費用です。株式の売却益は譲渡の契約をした日の事業年度に計上するため、期またぎに注意します。

  5. 05/ 05

    株を売った期の消費税

    株式の譲渡は非課税で、課税売上割合の分母に対価の5%を加えます。手数料には消費税がかかります。

01M&Aの手数料の勘定科目は?買い手は「取得価額」、売り手は「費用」が基本

経営者

M&Aの手数料は、どの勘定科目で処理すればよいのですか。

株式を買う会社が払う仲介手数料は、株式の取得価額(子会社株式など)に含めるのが法人税の基本です。株式や事業を売る会社が払う手数料は、支払手数料などの費用として処理します。

PD担当

M&Aの手数料の処理は、払う会社が「買う側」か「売る側」かで分かれます。法人税法施行令第119条第1項第1号は、購入した有価証券の取得価額を「その購入の代価(購入手数料その他その有価証券の購入のために要した費用がある場合には、その費用の額を加算した金額)」と定めています。つまり株式を買う会社が仲介会社に払う成功報酬は、原則として株式の取得価額に入ります。勘定科目でいえば、子会社株式や関係会社株式、投資有価証券などです。

一方、株式や事業を売る会社が払う手数料は、売るための費用です。法人税法第22条第3項は、損金に算入する額として「販売費、一般管理費その他の費用」を挙げています。売り手の会社は、仲介手数料を支払手数料などの費用として処理し、売却益から差し引かれる形で所得が計算されます。

この記事の主な数字

取得価額買い手が株式取得で払う仲介手数料の行き先法人税法施行令119条1項1号「購入手数料その他…購入のために要した費用」
60か月事業譲受で生じた資産調整勘定を損金にしていく期間法人税法62条の8第4項(当初計上額を60で割り、月数をかける)
契約日株式を売った会社が売却益を計上する事業年度の基準法人税法61条の2第1項「その譲渡に係る契約をした日」の属する事業年度

立場別:M&Aの手数料の処理の基本

払う会社取引の形手数料の行き先(法人税)勘定科目の例
買い手株式を買う(株式譲渡で取得)株式の取得価額に含める子会社株式・関係会社株式・投資有価証券
買い手事業を買う(事業譲受)取得した資産の取得価額に含める部分がある建物・機械装置などの各資産、資産調整勘定
売り手子会社株式などを売る費用(損金)支払手数料
売り手事業を売る(事業譲渡)費用(損金)支払手数料
どちらもM&Aが成立しなかった費用(損金)として扱う方向支払手数料・雑損失など

出典:法人税法22条3項、61条の2第1項、62条の8、法人税法施行令54条1項1号、119条1項1号(e-Gov法令検索、2026年11月8日確認)。勘定科目の名前は例で、会社の科目体系に合わせて決めます。

このあと、取引の形と費用の種類ごとに根拠の条文・通達を付けて整理し、仕訳例と計算例を示します。判断が分かれ得る所(デュー・ディリジェンス費用の扱い、期をまたぐ場合など)は、どこで分かれるかを示したうえで、顧問税理士に確認していただく形にしています。

この記事の範囲

会社(法人)が払う手数料の会計処理と法人税・消費税の基本を扱います。社長個人が自分の株を売ったときの所得税の計算は別の記事で扱う予定のため、ここでは触れません。上場会社など会計監査を受ける会社は、会計基準上の扱い(とくに連結財務諸表)が税務と異なることがあるため、監査法人にも確認してください。

02M&Aで払う手数料の種類と、処理を決める前に分けること

経営者

着手金や中間金、成功報酬で処理は変わりますか。

変わり得ます。株式の取得価額に入れるのは「購入のために要した費用」です。いつ、何のために払ったかで、取得価額に入れるか費用にするかの判断が分かれる費用があります。

PD担当

M&A支援会社への報酬は、契約時の着手金、基本合意の時期の中間金、成約時の成功報酬、毎月の月額報酬(リテイナー)などに分かれます。このほか、買い手は財務・税務・法務のデュー・ディリジェンス(DD)費用、株価算定の費用、契約書を作る弁護士費用を払うことがあります。どれを払うかは契約によって違います。

処理を決める前に、支払いの一つひとつについて次の4点を書き出しておくと、判断がぶれにくくなります。条文が「購入のために要した費用」と書いている以上、その費用が特定の株式や事業を買うために払ったものかが出発点になるからです。

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    何の対価か

    仲介・助言の報酬か、調査(DD)か、契約書の作成か、登記などの手続か。請求書の明細で確かめます。

  2. 2
    いつ払ったか

    候補を探している段階か、特定の相手と基本合意した後か、最終契約の後か。取締役会などの決議日も控えます。

  3. 3
    どの取引のためか

    株式を買うのか、事業を買うのか、売るのか。相手先が決まっているか。

  4. 4
    結果はどうなったか

    成立したか、破談したか。期末の時点でまだ決まっていないか。

M&Aで会社が払う主な費用と、処理を考えるときの論点

費用払う時期の例処理を考えるときの論点
着手金支援会社との契約時特定の相手が決まる前の支出なら、購入のための費用といえるかが論点
月額報酬(リテイナー)契約期間中の毎月相手探し・助言の対価か、特定の取引の対価か
中間金基本合意の時期取引が特定された後の支出。成立すれば取得価額に入る方向
成功報酬最終契約・決済の時期買い手:取得価額。売り手:費用
DD費用基本合意後〜最終契約前買うかどうかを決めるための調査か、買う前提の調査か
株価算定・契約書作成の費用最終契約の前後特定の取引のための支出かどうか
登録免許税など事業譲受で不動産を移すとき固定資産の取得価額に入れないことができる(法基通7-3-3の2)

当社整理。根拠:法人税法施行令119条1項1号・54条1項1号、法人税基本通達7-3-3の2(2026年11月8日確認)。費用の名前と時期は契約によって違います。

請求書ごとに「何の対価か」「いつ」「どの取引のためか」を書き出してから処理を決めます

なお、手数料を売り手と買い手のどちらが払うのか、各社の料金表で金額がどう違うのかは、M&Aの手数料は誰が払う?で扱っています。この記事は「払ったあとの処理」に絞ります。

03整理表:取引の形 × 費用の種類ごとの処理と根拠

経営者

結局、どの取引でどの費用をどう処理するのか、一覧で見られますか。

条文と通達を読み、株式取得・事業譲受・株式売却・事業譲渡と破談の5つに分けて表にしました。根拠の番号と、顧問税理士への確認が要る所も付けています。

PD担当

ここが、この記事の独自データです。e-Gov法令検索で法人税法と法人税法施行令の該当条文を、国税庁のサイトで法人税基本通達とタックスアンサー(消費税)を2026年11月8日に開いて読み、取引の形 × 費用の種類ごとに処理と根拠を整理しました。条文の言葉はできるだけそのまま使っています。

M&Aの手数料・費用の処理の整理表(法人税・消費税)

取引の形費用法人税の処理根拠確認が要る点
株式取得成功報酬・仲介手数料株式の取得価額に加算法人税法施行令119条1項1号—
株式取得通信費・名義書換料取得価額に含めないことができる法人税基本通達2-3-5—
株式取得DD費用・着手金・月額報酬「購入のために要した費用」に当たれば取得価額法人税法施行令119条1項1号支出の目的・時期で判断が分かれ得る。顧問税理士へ
事業譲受仲介手数料(減価償却資産に対応する部分)各資産の取得価額に加算法人税法施行令54条1項1号イ(購入手数料)資産ごとの配分のしかた
事業譲受登録免許税・不動産取得税固定資産の取得価額に算入しないことができる法人税基本通達7-3-3の2(1)—
事業譲受対価が時価純資産を超える部分資産調整勘定とし、60か月で損金に法人税法62条の8第1・4・5項、施行令123条の10第1項「事業及び主要な資産又は負債のおおむね全部」の移転か
株式売却売却益・売却損契約をした日の事業年度に計上法人税法61条の2第1項契約日と決済日が期をまたぐ場合
株式売却仲介手数料費用(損金)法人税法22条3項債務が確定した時期
事業譲渡仲介手数料費用(損金)法人税法22条3項—
株式売却消費税株式の譲渡は非課税。課税売上割合の分母に対価の5%を加える国税庁タックスアンサーNo.6201・No.6405仕入税額控除への影響
事業譲渡消費税土地は非課税、建物・設備などは課税国税庁タックスアンサーNo.6201対価の資産ごとの内訳
破談着手金・DD費用・中間金取得価額に入れる相手がないため費用(損金)の方向法人税法22条3項計上する事業年度

出典:e-Gov法令検索(法人税法、法人税法施行令)、国税庁「法人税基本通達」2-3-5・7-3-3の2、国税庁タックスアンサーNo.6201・No.6405(いずれも2026年11月8日確認、当社整理)。個別の取引への当てはめは顧問税理士に確認してください。

表を見ると、法令がはっきり書いている所と、書いていない所が分かれます。成功報酬が株式の取得価額に入ること、資産調整勘定を60か月で損金にすること、株式の売却益を契約日の事業年度に計上することは、条文に書かれています。一方で、DD費用や着手金が「購入のために要した費用」に当たるかは、条文が線を引いていません。ここは次の章で、判断の分かれ目を具体的に見ます。

整理表の中身

12通り取引の形と費用の組み合わせ株式取得3・事業譲受3・株式売却3・事業譲渡2・破談1
9本根拠にした条文・通達・タックスアンサー法22条・61条の2・62条の8、令54条・119条・123条の10、通達2-3-5・7-3-3の2ほか
5か所顧問税理士への確認を勧める所DD費用、資産ごとの配分、事業の範囲、期またぎ、破談の時期

04買い手(株式取得):成功報酬は株式の取得価額に入れる

経営者

株式を買ったとき、仲介会社への成功報酬はその期の費用にできないのですか。

法人税では、購入手数料など購入のために要した費用は株式の取得価額に加算します。費用にはならず、株式を売るまで損金になりません。株式は減価償却もしません。

PD担当

株式譲渡で会社を買う場合、買い手の会社が手にするのは「株式」です。購入の代価に、購入手数料その他購入のために要した費用を加えた金額が取得価額です(法人税法施行令119条1項1号)。仲介会社やFAへの成功報酬は、特定の会社の株式を買うために払うものなので、取得価額に入れます。

ここで押さえたいのは、取得価額に入れた手数料は、その期の損金にならないことです。株式は減価償却をしない資産なので、手数料の分も含めて帳簿に残り、将来その株式を売ったとき(または一定の場合に評価損を計上したとき)に初めて損益に影響します。「手数料を払ったのに今期の税金が減らない」のはこのためです。

仕訳例:株式代金3億円・成功報酬2,500万円の場合

仕訳例(買い手・株式取得、税抜経理の場合)

借方金額貸方金額
株式代金を払った子会社株式30,000万円普通預金30,000万円
成功報酬を払った子会社株式2,500万円普通預金2,750万円
仮払消費税等250万円

金額は説明のための仮の数字です。消費税を10%とし、税抜経理を採っている場合の例です。株式の譲渡には消費税はかかりませんが、仲介会社の報酬(役務の提供)には消費税がかかります。

計算例:取得価額に入る金額

株式の購入の代価30,000万円
成功報酬(税抜)2,500万円
合計30,000万円+2,500万円=32,500万円
子会社株式の取得価額32,500万円(3億2,500万円)

法人税法施行令119条1項1号に当てはめた例です。DD費用などをどこまで含めるかは次の章で扱います。

法人税基本通達2-3-5は、例外として「有価証券を取得するために要した通信費、名義書換料の額を含めないことができる」としています。含めないことが認められているのはこの種の少額の費用で、成功報酬はこの例外には当たりません。

費用にした場合との違いは「税金を払う時期」

成功報酬を誤って支払手数料(費用)にすると、その期の所得が小さくなり、税務調査で取得価額への振り替えを求められるおそれがあります。逆に、取得価額に入れるべき費用を入れておけば、株式を売る時期に譲渡原価として差し引かれます。どちらにしても、差が出るのは「いつ損金になるか」です。

計算例:成功報酬2,500万円を費用にした場合と、取得価額に入れた場合の差(仮の税率30%)

費用にした場合に今期減る所得2,500万円
今期の税額の差2,500万円 × 30% = 750万円
取得価額に入れた場合に損金になる時期その株式を売ったときなど
今期の税額の差(目安)約750万円

税率30%は説明のための仮の数字です。財務省は国・地方を合わせた法人実効税率を29.74%としています(資本金1億円以下の法人の軽減税率などは考慮していません)。

株を売る予定がないと「ずっと損金にならない」

子会社として持ち続ける株式は、売るまで手数料の分が損金になりません。買収の資金計画では、手数料を「今期の費用で税金が減る」と見込まないようにしておくと、資金繰りの読み違いを防げます。

05買い手の迷いどころ:DD費用・着手金は取得価額に入るか

経営者

DD費用や着手金も、株式の取得価額に入れなければいけませんか。

条文は「購入のために要した費用」とだけ書いており、DD費用や着手金をどう扱うかは示していません。買うかどうかを決めるための支出か、買う前提の支出かで判断が分かれ得るため、顧問税理士に確認してください。

PD担当

成功報酬は「その株式を買ったから払う」ものなので、取得価額に入れることに迷いは少ないはずです。迷うのは、成立するかどうか分からない段階で払う費用です。着手金や月額報酬は相手が決まる前から払いますし、DD費用は「買うかどうかを決めるため」の調査でもあります。

法人税法施行令119条1項1号は「購入手数料その他その有価証券の購入のために要した費用」と書くだけで、DD費用や着手金をどう扱うかは書いていません。法人税基本通達2-3-5が取得価額に含めないことができるとするのも、通信費と名義書換料だけです。DD費用・着手金・月額報酬の扱いは、法令の文言だけでは決まらない部分があります。

判断の分かれ目になりやすい点

DD費用・着手金などで判断が分かれ得る点

見る点取得価額に入れる方向に働く事情費用にする方向に働く事情
支出の目的特定の会社の株式を買う前提で、買い方や価格を詰めるための支出どの会社を買うか、そもそも買うかを決めるための支出
支出の時期基本合意や取締役会の決議の後相手先が決まる前、候補を比べている段階
対象の特定請求書・契約書に対象会社が明記されている複数の候補や一般的な助言の対価
取引との結び付き成功報酬に充当される中間金・着手金成否にかかわらず返らない、相手探しの対価

当社整理。法人税法施行令119条1項1号の「購入のために要した費用」という文言から、判断に使われ得る事情を並べたもので、国税庁が示した基準ではありません(2026年11月8日確認)。個別の判断は顧問税理士に確認してください。

実務では、決議日や基本合意の日を境に、前後の支出を分けて記録しておくと、どちらの判断になっても対応できます。請求書を「対象会社名」「業務の内容」「業務の期間」がわかる形で出してもらうことも、後で説明するときの材料になります。

計算例:DD費用600万円の扱いで、今期の所得はどれだけ変わるか(仮の税率30%)

DD費用(税抜)600万円
費用にした場合の今期の税額の差600万円 × 30% = 180万円
取得価額に入れた場合の取得価額32,500万円+600万円=33,100万円
判断で変わる今期の税額(目安)約180万円

前の章の例(取得価額3億2,500万円)にDD費用600万円を加えた仮の例です。税率30%は説明のための仮の数字です。

「取締役会の前なら全部費用」と決めつけない

決議の前後は判断の材料の一つにすぎず、条文は時期で線を引いていません。金額が大きい場合は、処理を決める前に顧問税理士に、支出の目的と時期の資料を見てもらってください。

なお、買い手が会計監査を受けている会社の場合、連結財務諸表での買収関連費用の扱いは会計基準によって決まり、法人税の取得価額と一致しないことがあります。その場合は税務と会計の差を申告調整で埋めることになるため、監査法人と顧問税理士の両方に確認してください。

06買い手(事業譲受):手数料は資産の取得価額に、差額は資産調整勘定に

経営者

株式ではなく事業を買った場合、手数料の処理はどうなりますか。

事業譲受では、建物や設備などの資産を一つずつ買う形になります。購入手数料は資産の取得価額に入り、対価が時価純資産を超える部分は一定の場合に資産調整勘定として60か月で損金にします。

PD担当

事業譲受(事業譲渡で買う側)では、買い手が手にするのは株式ではなく、建物・機械・在庫・契約などの個々の資産と負債です。法人税法施行令54条1項1号イは、購入した減価償却資産の取得価額を、購入の代価に「引取運賃、荷役費、運送保険料、購入手数料、関税…その他当該資産の購入のために要した費用」を加えた額としています。

このため、仲介手数料のうち減価償却資産を買うために払ったといえる部分は、その資産の取得価額に入り、減価償却を通じて少しずつ損金になります。株式取得では売るまで損金にならないのと比べると、ここが大きな違いです。ただし、1つの手数料を複数の資産にどう配分するかを定めた条文は見当たらないため、配分のしかたは顧問税理士に確認してください。

登録免許税・不動産取得税は取得価額に入れないことができる

事業譲受で不動産を移すと、登録免許税や不動産取得税がかかります。法人税基本通達7-3-3の2は、「たとえ固定資産の取得に関連して支出するものであっても」次のような費用は取得価額に算入しないことができるとしています。

  • 不動産取得税又は自動車取得税
  • 特別土地保有税のうち土地の取得に対して課されるもの
  • 新増設に係る事業所税
  • 登録免許税その他登記又は登録のために要する費用
  • 建設計画の変更で不要になった調査・測量・設計などの費用、契約を解除して別の資産を取得する場合の違約金

対価が時価純資産を超えた部分:資産調整勘定

事業を買うときは、受け取る資産・負債の時価の差額(時価純資産)より高い対価を払うことがあります。法人税法62条の8第1項は、一定の「事業の譲受け」で、交付した対価の額が時価純資産価額を超えるとき、その超える部分(政令で定める部分)を資産調整勘定とすると定めています。対象になる事業の譲受けは、法人税法施行令123条の10第1項で「事業及び当該事業に係る主要な資産又は負債のおおむね全部」が移転するものとされています。

資産調整勘定は、当初計上額を60で割った額に、その事業年度の月数をかけた額を減額し、その額を損金に算入します(同条4項・5項)。12か月の事業年度なら、1年に当初計上額の5分の1ずつ損金になる計算です。

計算例:事業譲受で資産調整勘定が生じた場合

事業の対価20,000万円
移転を受けた資産・負債の時価純資産価額15,000万円
資産調整勘定(当初計上額)20,000万円−15,000万円=5,000万円
1か月あたりの減額5,000万円 ÷ 60 = 約83.3万円
12か月の事業年度の損金算入額5,000万円 ÷ 5 = 1,000万円
毎年の損金算入額(12か月の事業年度)1,000万円(5年で5,000万円)

法人税法62条の8第4項・5項に当てはめた仮の例です。取得した年度は、事業譲受の日から期末までの月数で計算します。資産等超過差額に当たる部分など、資産調整勘定にならない部分の判定は顧問税理士に確認してください。

株式取得と事業譲受:手数料が損金になるまでの違い

株式取得事業譲受
手数料の行き先株式の取得価額各資産の取得価額(配分のしかたは要確認)
損金になる時期株式を売ったときなど減価償却・資産調整勘定の減額を通じて少しずつ
登録免許税など(通常は生じない)取得価額に算入しないことができる(法基通7-3-3の2)
消費税株式の譲渡は非課税建物・設備などの部分は課税(土地は非課税)

出典:法人税法施行令54条1項1号・119条1項1号、法人税法62条の8、法人税基本通達7-3-3の2、国税庁タックスアンサーNo.6201(2026年11月8日確認、当社整理)。

仮の例:手数料1,500万円が損金になっていく額(取得から5年間)

  • 株式取得(5年以内に売らない場合)0万円
  • 事業譲受(すべてを耐用年数5年の定額法の資産に配分したと仮定)1500万円

仮定を置いた単純な比較です。実際には、土地(減価償却しない)や耐用年数の長い建物に配分される部分があり、5年で全額が損金になるとは限りません。

07売り手の会社:手数料は費用。株式の売却益は「契約日」の事業年度に

経営者

子会社株式や事業を売った会社は、仲介手数料をどう処理しますか。

支払手数料などの費用(損金)として処理します。株式を売った場合、売却益は譲渡の契約をした日の事業年度に計上する決まりなので、手数料の計上時期とのずれに注意します。

PD担当

売り手の会社(子会社株式を売る親会社や、事業の一部を売る会社)が払う手数料は、売るための費用です。法人税法22条3項2号の「販売費、一般管理費その他の費用」として損金に算入します。ただし同号は「償却費以外の費用で当該事業年度終了の日までに債務の確定しないもの」を除いているため、期末までに支払う義務が確定しているかを確かめます。

子会社株式を売った場合

法人税法61条の2第1項は、有価証券の譲渡利益額(譲渡の対価の額が譲渡原価の額を超える部分)を、「その譲渡に係る契約をした日」の属する事業年度の益金に算入するとしています。決済(株式の引渡しと代金の受取り)の日ではありません。

計算例:子会社株式を2億円で売った会社

譲渡の対価20,000万円
譲渡原価(その株式の帳簿価額)5,000万円
譲渡利益額20,000万円−5,000万円=15,000万円
仲介手数料(税抜、費用)1,800万円
所得への影響15,000万円−1,800万円=13,200万円
法人税等の目安13,200万円 × 30% = 3,960万円
売却で増える税額の目安約3,960万円

金額と税率30%は説明のための仮の数字です。法人税法61条の2では、手数料は譲渡原価ではなく、別に費用として差し引く形になります。

仕訳例(売り手・子会社株式の売却、税抜経理の場合)

借方金額貸方金額
株式を売った普通預金20,000万円子会社株式5,000万円
子会社株式売却益15,000万円
仲介手数料を払った支払手数料1,800万円普通預金1,980万円
仮払消費税等180万円

仮の数字の例です。損益計算書での表示区分(特別損益にするか、手数料を売却益と相殺して示すか)は、会社の会計方針と監査人の意見に従ってください。

契約日と決済日が期をまたぐとき

たとえば3月決算の会社が、3月20日に株式譲渡契約を結び、4月30日に決済して成功報酬を払うと、売却益は契約をした3月期に計上します。成功報酬の支払義務が決済の時に確定する契約で、債務の確定が翌期になると、手数料が売却益と同じ期の損金にならない可能性があります。契約書の報酬の発生条件を確かめ、顧問税理士に計上時期を確認してください。

事業を売った場合

事業譲渡では、売り手の会社は個々の資産を売ります。資産ごとに譲渡の対価と帳簿価額の差が譲渡損益になり、手数料は費用として差し引きます。

計算例:事業を1億5,000万円で売った会社

事業の対価15,000万円
譲渡した資産・負債の帳簿価額(純額)9,000万円
譲渡益15,000万円−9,000万円=6,000万円
仲介手数料(税抜、費用)1,200万円
所得への影響6,000万円−1,200万円=4,800万円

仮の数字の例です。事業譲渡では、譲渡した資産のうち建物・設備などには消費税がかかり、土地は非課税です(国税庁タックスアンサーNo.6201)。

社長個人が株を売る場合とは別の計算

会社が子会社株式を売る場合は法人税、社長個人が自分の株を売る場合は所得税・住民税の申告分離課税で、計算のしかたが違います。個人の税金は別の記事で扱います。

08消費税:手数料の消費税と、株式を売ったときの課税売上割合

経営者

M&Aの手数料にかかる消費税は、全額を差し引けますか。

仲介会社への報酬には消費税がかかります。ただ、株式の譲渡は消費税が非課税で、課税売上割合の計算で分母に対価の5%を加えるため、仕入税額控除の計算に影響することがあります。

PD担当

支援会社への報酬は役務の対価なので、消費税がかかります。一方、国税庁タックスアンサーNo.6201は、非課税となる取引として「国債や株券などの有価証券、証券の発行がない国債、地方債、社債、株式等…の譲渡」を挙げています。株式の売買そのものには消費税がかからず、手数料にはかかる、という組み合わせです。

株式を売った会社では、もう一つ影響があります。タックスアンサーNo.6405は、課税売上割合の計算で総売上高に加える「特定の有価証券等…の譲渡対価の額は、その譲渡対価の額の5パーセントに相当する金額とされています」としています。子会社株式を大きな金額で売った期は、課税売上割合が下がることがあります。

計算例:株式の売却で課税売上割合がどれだけ下がるか

本業の課税売上高(税抜)50,000万円
株式の譲渡対価200,000万円
分母に加える額200,000万円 × 5% = 10,000万円
課税売上割合(売却がない場合)50,000万円 ÷ 50,000万円 = 1(100%)
課税売上割合(売却がある場合)50,000万円 ÷ 60,000万円 = 約0.833(約83.3%)
課税売上割合100% → 約83.3%

仮の数字の例です(本業の売上はすべて課税売上、ほかの非課税売上はないと仮定)。課税売上割合が95%未満になると、仕入税額控除の計算方法(個別対応方式・一括比例配分方式)に影響します。計算方法の選び方と手数料の用途区分は顧問税理士に確認してください。

取引の形ごとの消費税の扱い

取引の形取引そのもの手数料の消費税注意点
株式取得(買い手)非課税(株式の譲渡)課税仕入れ仕入税額控除の用途区分
事業譲受(買い手)資産ごとに課税・非課税(土地は非課税)課税仕入れ対価の資産ごとの内訳を契約で決める
株式売却(売り手)非課税。分母に対価の5%課税仕入れ課税売上割合の低下
事業譲渡(売り手)資産ごとに課税・非課税課税仕入れ課税資産の部分は売り手が消費税を受け取って納める

出典:国税庁タックスアンサーNo.6201「非課税となる取引」、No.6405「課税売上割合の計算方法」(2026年11月8日確認、当社整理)。

事業譲渡の対価の内訳は契約で決めておく

事業譲渡では、土地(非課税)と建物・設備・のれん(課税)などの内訳で、売り手が受け取る消費税と買い手が払う消費税が変わります。対価の配分は売り手・買い手で合わせておく必要があるため、契約前に双方の税理士に確認してください。

09破談したとき・期末に決まっていないときの処理

経営者

M&Aが途中で破談したら、払った着手金やDD費用はどうなりますか。

株式も資産も手に入らないため、取得価額に入れる相手がありません。法人税法22条3項の費用・損失として扱う方向ですが、どの事業年度に計上するかは顧問税理士に確認してください。

PD担当

買い手が着手金やDD費用を払ったあとで交渉が打ち切りになると、取得価額に入れる株式や資産がありません。この場合、それまでの支出は法人税法22条3項の費用(2号)または損失(3号)として損金に算入する方向になります。売り手が払った着手金も、売却が成立しなければ費用です。

計算例:破談までに買い手が払った費用

着手金300万円
DD費用(財務・法務)600万円
中間金500万円
費用(損金)として扱う方向の合計(税抜)300万円+600万円+500万円=1,400万円

仮の数字の例です。中間金が返金される契約の場合は、返金される分は費用になりません。返金の条件は支援会社との契約書で確かめてください。

期末をまたいで交渉が続いているとき

期末の時点で交渉が続いていると、払った費用を「いずれ取得価額に入るもの」として資産に残すか、その期の費用にするかを決める必要があります。成否が分からない段階の扱いは法令に明文がなく、会社の実態で判断が分かれ得るため、期末の前に顧問税理士と方針を決めておくと安全です。

  1. 1
    期末時点の状況を記録する

    基本合意の有無、DDの進み具合、最終契約の予定日を書面にまとめます。

  2. 2
    支出を一覧にする

    着手金・月額報酬・中間金・DD費用を、日付と対象会社名つきで並べます。

  3. 3
    返金の条件を確かめる

    中間金が返金されるか、成功報酬に充当されるかを契約書で確認します。

  4. 4
    処理の方針を決める

    資産に残すか費用にするかを顧問税理士と決め、翌期以降の扱い(成立・破談)も決めておきます。

結果ごとの扱いのまとめ(買い手)

結果成功報酬DD費用・着手金など根拠
株式取得が成立株式の取得価額購入のための費用に当たれば取得価額(要確認)法人税法施行令119条1項1号
事業譲受が成立資産の取得価額(配分は要確認)同上(資産ごと)法人税法施行令54条1項1号
破談成立を条件とする契約なら生じない費用・損失の方向(時期は要確認)法人税法22条3項
期末で未定—資産に残すか費用にするかを決める法令に明文なし。顧問税理士へ

当社整理(2026年11月8日確認)。

破談の可能性がある段階の支出は、日付と対象会社を記録しておきます

10手数料の資金繰り:取得価額に入る成功報酬は「今期の税金を減らさない」

経営者

買い手は、手数料の支払いで資金繰りに何が起きやすいのですか。

成功報酬は株式代金と同じ時期にまとまって出ていき、しかも取得価額に入るため今期の税金は減りません。支払時期を分ける方法を事前に比べておくと安心です。

PD担当

ここまで見たとおり、株式取得の成功報酬は取得価額に入るため、払った期の損金にならず、税金で戻ってくる分もありません。成功報酬が株式代金を払う決済の時期に請求される契約では、買い手の手元資金にとって株式代金と手数料が同時に出ていくことになります。

支払いの時期を分けたい場合、まず支援会社と支払時期を相談する方法があります。そのほか、当社のPD for M&Aは、報酬を払う会社がM&A支援会社へ払う報酬(主に成功報酬)を最大12ヶ月の分割で払えるサービスです。M&A支援会社は早期に資金化でき、未回収はPROTOCOLが保証します。別途、所定の保証料がかかるため、一括で払うより総支払額は多くなります。所定の審査があり、ご利用は法人のお客様が中心です。

計算例:成功報酬2,500万円を12回の分割にした場合(PD for M&A)

成功報酬(税抜)2,500万円
分割回数12回
報酬部分の月額2,500万円 ÷ 12 = 約208.3万円
保証料別途、所定の保証料
月々の支払い(報酬部分)約208.3万円+別途、所定の保証料

保証料の分だけ、一括で払うより総支払額は多くなります。消費税の扱い、分割できる範囲(着手金や中間金を含むか)・上限、いま依頼している支援会社で使えるかは、個別にご確認ください。保証料の会計・税務の処理(取得価額に含めるかどうかなど)は顧問税理士に確認してください。

分割で払う場合でも、成功報酬そのものの処理(株式の取得価額に入れること)は、支払いの方法によって変わるものではありません。分割の詳しい仕組みはPD for M&Aのページで紹介しています。

11処理を決める手順と、この記事のまとめ

経営者

M&Aの手数料を払ったら、何から確かめればよいですか。

取引の形(株式か事業か、買うか売るか)を確かめ、請求書ごとに何の対価か・いつ・どの取引のためかを記録します。判断が分かれる費用は、期末の前に顧問税理士と方針を決めます。

PD担当

最後に、手数料を払ってから決算までに確かめる順番をまとめます。

  1. 1
    取引の形を確かめる

    株式取得・事業譲受・株式売却・事業譲渡のどれか。整理表のどの行に当たるかを決めます。

  2. 2
    請求書ごとに記録する

    着手金・月額報酬・中間金・成功報酬・DD費用について、何の対価か、日付、対象会社を残します。

  3. 3
    成功報酬を処理する

    買い手は株式(または資産)の取得価額、売り手は支払手数料。消費税は仮払消費税等に分けます(税抜経理の場合)。

  4. 4
    迷う費用を顧問税理士に確認する

    DD費用・着手金、事業譲受での配分、契約日と決済日が期をまたぐ場合、破談の時期。

  5. 5
    消費税への影響を確かめる

    株式を売った期は課税売上割合の変化、事業譲渡では対価の資産ごとの内訳。

顧問税理士に確認するときに渡す資料

資料何を確かめるために使うか
支援会社との契約書報酬の発生条件・時期、充当・返金の条件
請求書(明細つき)何の対価か、対象会社、業務の期間
取締役会議事録・基本合意書取引が特定された時期
株式譲渡契約書・事業譲渡契約書契約日、決済日、対価と資産ごとの内訳
DDの報告書の目次調査の範囲と目的

当社整理。

  • 買い手が株式を買うときの成功報酬は、株式の取得価額に加算する(法人税法施行令119条1項1号)。通信費・名義書換料は含めないことができる(法基通2-3-5)
  • DD費用・着手金が「購入のために要した費用」に当たるかは、条文が線を引いていない。目的と時期の記録を残し、顧問税理士に確認する
  • 事業譲受では、購入手数料は資産の取得価額へ(施行令54条1項1号イ)。対価が時価純資産を超える部分は一定の場合に資産調整勘定とし、60か月で損金にする(法62条の8)
  • 売り手の会社の手数料は費用。株式の売却益は契約をした日の事業年度に計上する(法61条の2第1項)ため、期またぎに注意
  • 株式の譲渡は消費税が非課税で、課税売上割合の分母に対価の5%を加える。手数料には消費税がかかる
  • 破談した場合は、取得価額に入れる相手がないため費用・損失の方向。計上する時期は顧問税理士に確認する

M&Aの手数料の支払い方について相談したい場合は、お問い合わせからご連絡ください。M&A関連の記事はM&Aの費用と契約の記事一覧とM&Aのトップページにまとめています。

判断が分かれる費用は、期末の前に顧問税理士と方針を決めておきましょう

+分割払いの基本を知る

分割払いのしくみや経理・契約の基本は、業界を問わない「分割払いのコラム」にまとめています。

Q&Aよくある質問

M&Aの仲介手数料の勘定科目は何ですか?

買い手が株式を買うために払った場合は、子会社株式・関係会社株式・投資有価証券など、取得した株式の科目に含めます(法人税法施行令119条1項1号)。売り手の会社が払った場合は、支払手数料などの費用で処理します。

買い手が払った成功報酬は、その期の損金にできますか?

株式を買うための成功報酬は株式の取得価額に入るため、払った期の損金にはなりません。株式は減価償却しないので、その株式を売ったときなどに損益に反映されます。

DD(デュー・ディリジェンス)費用は取得価額に含めますか?

法人税法施行令119条1項1号は「購入のために要した費用」とだけ定めており、DD費用の扱いを明記していません。特定の株式を買う前提の支出か、買うかどうかを決めるための支出かなどで判断が分かれ得るため、顧問税理士に確認してください。

着手金は損金になりますか?

M&Aが成立しなかった場合は、取得価額に入れる相手がないため費用・損失として扱う方向です(法人税法22条3項)。成立した場合に取得価額へ含めるかどうかは、支出の目的や時期によるため顧問税理士に確認してください。

事業譲受で払った手数料はどう処理しますか?

減価償却資産を買うための購入手数料は、その資産の取得価額に入ります(法人税法施行令54条1項1号イ)。複数の資産への配分のしかたは顧問税理士に確認してください。対価が時価純資産を超える部分は、一定の事業の譲受けなら資産調整勘定として60か月で損金にします。

子会社株式を売ったとき、売却益はいつ計上しますか?

法人税法61条の2第1項により、譲渡に係る契約をした日の属する事業年度に計上します。決済日が翌期でも契約日の期になるため、成功報酬の計上時期とずれないか顧問税理士に確認してください。

M&Aの手数料に消費税はかかりますか?

支援会社への報酬には消費税がかかります。株式の譲渡そのものは非課税です(国税庁タックスアンサーNo.6201)。株式を売った会社は、課税売上割合の計算で譲渡対価の5%を分母に加えます(No.6405)。

この記事の出典(8件)
  1. e-Gov法令検索「法人税法」(第22条、第61条の2、第62条の8)
  2. e-Gov法令検索「法人税法施行令」(第54条、第119条、第123条の10)
  3. 国税庁「法人税基本通達 第2款 有価証券の取得価額」(2-3-5)
  4. 国税庁「法人税基本通達 第1款 固定資産の取得価額」(7-3-3の2)
  5. 国税庁 タックスアンサーNo.6201「非課税となる取引」
  6. 国税庁 タックスアンサーNo.6405「課税売上割合の計算方法」
  7. 国税庁 タックスアンサーNo.5759「法人税の税率」
  8. 財務省「法人課税に関する基本的な資料」(法人実効税率)

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