調剤薬局のM&A：売却価格と手数料の目安、許可と指定の引継ぎ方

01薬局のM&Aで最初に知っておくこと：価格は処方箋と立地、手続きは「許可」と「指定」

調剤薬局のM&Aは、ほかの業種と比べて「収入のほとんどが公定価格」という特徴があります。厚生労働省の第25回医療経済実態調査では、同一グループ1店舗の法人薬局の収益のうち95.5%が保険調剤収益でした。売上の単価は国が決める調剤報酬で決まり、薬局が自由に値上げすることはできません。そのため、価格の話は「処方箋が何枚来るか」「その処方箋で何点取れるか」に集まります。

もう一つの特徴は、許認可が二重になっていることです。薬局を開くには所在地の都道府県知事など（保健所設置市・特別区では市長・区長）の薬局開設許可が要り（医薬品医療機器等法第4条）、保険調剤をするには地方厚生（支）局の保険薬局の指定が要ります（健康保険法第65条）。どちらも開設者（法人なら会社）に付くため、会社ごと売るか、薬局の事業だけを売るかで手続きが変わります。

この記事では、厚生労働省の統計と通知を使って、店舗数別の収益力の差、買い手のグループ規模で調剤基本料が変わる仕組み、許可と指定の引継ぎ方を数字で確かめます。最後に、手数料の目安と払い方も扱います。

02独自データ①：薬局は増え続け、グループ化が進んでいる

まず市場の形を見ます。厚生労働省「令和6年度衛生行政報告例の概況」によると、令和6年度末の薬局数は63,203施設で、前年度より375施設（0.6%）増えました。全国では増えていますが、都道府県別に見ると動きは分かれます。

47都道府県のうち、薬局数が前年度より増えたのは28都府県、減ったのは18道県、横ばいが1県（佐賀県）でした。都市部で増え、地方で減るという形です。地方の薬局を売るときは、買い手がその地域で店舗を増やしたい理由（周辺の薬局の減少、医療機関の継続など）を持っているかが、話の進み方に影響します。

同じ資料では、20店舗以上の法人に属する薬局が合計49.9%（32.2%＋17.7%）でした。一方で、個人と1店舗の法人を合わせた「1店舗だけの経営」は17.3%あります。薬局のM&Aの多くは、この小規模の側が売り手、グループの側が買い手になる組み合わせです。

処方箋の量から見た市場の大きさ

03独自データ②：同じ薬局でも、属するグループの店舗数で収益力が違う

厚生労働省の第25回医療経済実態調査（医療機関等調査、令和7年11月）は、保険薬局の損益を「同一グループの保険調剤を行っている店舗数」別に集計しています。法人の薬局について、直近の事業年度（調査票の「前年（度）」）の1施設あたりの数字を並べました。

読み取れることは3つあります。1つ目に、2〜5店舗のグループが3.2%と最も低い水準でした。本部の機能を持ち始めるのに、規模の効果がまだ出にくい層と考えられます。2つ目に、20〜49店舗が10.2%で最も高く、300店舗以上は4.1%にとどまりました。後で見る調剤基本料は、グループの処方箋受付回数が多いほど低くなる仕組みで、規模が大きいほど有利、という単純な形にはなっていません。3つ目に、1店舗あたりの処方箋枚数は、規模が大きいグループほど多い傾向があります。

売り手にとっての意味

買い手は、あなたの薬局を自社のグループに入れたあとの損益で価格を考えます。仕入れ条件や人の配置で改善できる部分がある一方、次の章で見るように、買い手のグループ規模によっては調剤基本料が下がり、収入が減る場合もあります。同じ薬局でも、買い手によって「いくらまで出せるか」が変わるのはこのためです。複数の買い手候補の条件を比べる意味は、薬局では特に大きいといえます。

04売却価格を左右するもの：処方箋の中身・集中率・薬剤師

薬局の売上の大部分は薬剤料ですが、薬剤料は仕入れた薬の代金にほぼ見合う部分で、利益の源泉は主に技術料（調剤基本料・薬剤調製料・薬学管理料など）です。令和6年度の調剤医療費（電算処理分）では、内訳がはっきり分かれています。

このため、売上高が同じでも、高額な薬が多いだけの薬局と加算をきちんと算定している薬局では利益が違います。買い手は売上高よりも、技術料と、その技術料が今後も取れるかを見ます。

価格の計算そのものは、ほかの業種と同じ考え方

価格の計算方法（純資産に将来の利益の何年分かを足す方法など）は業種を問わず共通で、ここでは深掘りしません。手取り額は税金でも変わるため、会社売却の税金と手取りもあわせて確かめてください。薬局で特有なのは、「将来の利益」の見積もりが調剤報酬の改定と買い手のグループ規模で動く点です。

• 改定の影響：調剤報酬はおおむね2年ごとに改定され、令和8年6月施行の改定でも調剤基本料の区分と点数が見直されました
• 処方元の継続：門前の医療機関が閉じれば処方箋は大きく減ります。医療機関の承継の予定は、買い手に聞かれる前に整理しておきたい項目です
• 薬剤師の確保：厚生労働省の資料では、薬局薬剤師の偏在指標が1.0を超えるのは18都道府県で、地域によって採用のしやすさが違います

05買い手のグループ規模で調剤基本料が変わる（令和8年度改定）

調剤基本料は、処方箋を受け付けるたびに算定する技術料の土台です。令和8年度の改定（令和8年6月1日施行）後の点数は次のとおりです。

ポイントは、調剤基本料3の判定に使うのが「同じグループの処方箋受付回数の合計」だという点です。売り手の薬局が単独では調剤基本料1でも、買い手のグループの受付回数の合計が月3.5万回を超えていて、売り手の薬局が特定の医療機関からの処方箋を85%超受けている場合は、調剤基本料3のイ（25点）に当たる可能性があります。

同じ1店舗の法人の平均損益差額は年576万円でした（前章）。それと比べると、基本料の差だけで年400万円近く動くことがあるのが分かります。買い手はこの差を価格に織り込みます。逆に、集中率の低い（処方元が分散している）薬局は、大きなグループに入っても調剤基本料3のハ（37点）などにとどまり、影響が小さくなります。

06許可と指定の引継ぎ：株式譲渡と事業譲渡で手続きが違う

薬局開設許可は6年ごとの更新制（医薬品医療機器等法第4条第4項）、保険薬局の指定も6年で効力を失う仕組みです（健康保険法第68条、一定の場合は更新の申請があったものとみなされます）。どちらも開設者に付くため、M&Aの形によって扱いが分かれます。

株式譲渡でも確認すること

株式譲渡では許可は続きますが、医薬品医療機器等法第5条は、申請者が法人のときは「薬事に関する業務に責任を有する役員」も含めて、許可の取消しから3年を経過していない者などに当たる場合に許可を与えないことができると定めています。買い手が送り込む役員がこれに当たらないか、また薬局の管理者（管理薬剤師）を誰にするか（同法第7条）を、クロージング前に決めておきます。管理者などを変えたときは30日以内の届出が必要です（同法第10条第1項）。

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   クロージング前

   新しい役員・管理薬剤師を決め、欠格事由に当たらないか確認。調剤基本料の区分の見込みを買い手と確認

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   クロージング日

   株式の譲渡、役員の交代。代金の受領と手数料の支払い

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   変更から30日以内

   都道府県など（保健所設置市・特別区は市・区）に変更届。地方厚生（支）局にも変更の届出

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   翌月以降

   グループの受付回数が変わる場合、調剤基本料の区分の届出を見直す

07事業譲渡で遡及指定を受けるには：令和8年9月からの要件

事業譲渡では開設者が変わるため、保険薬局の指定は新しく受けます。新規の指定は、通常は申請した翌月の1日が指定日です。そのままだと、旧薬局を廃止してから新しい指定が出るまで保険調剤ができない期間が生じます。そこで、厚生労働省の通知は、開設者の変更などの場合に、地方社会保険医療協議会で認められれば、旧薬局の廃止日の原則として同日または翌日にさかのぼって指定する（遡及指定）扱いを定めています。

この扱いは令和8年6月5日の通知（保医発0605第2号）で見直され、令和8年9月1日から適用されています。所在地を変えずに開設者だけを変える場合（類型②）は、次の「基本的には認める要件」をすべて満たせば、事前の予定届出書なしで手続きを進められます。

要件に当たらない場合（類型③）は3か月前から

所在地の移転と開設者の変更を同時に行う場合など、上の類型に当たらない事例は、遡及指定の可否を慎重に判断するため、原則として遡及指定を希望する日の3か月前までに予定届出書を出し、地方厚生（支）局の求めに応じて事前相談をする手続きです。複数の薬局をまとめて事業譲渡で引き継ぐ場合は、この期限から逆算して日程を組みます。

08薬局ならではのデュー・ディリジェンス：買い手が調べ、売り手が備えること

デュー・ディリジェンス（DD）の費用や進め方そのものは別の論点なので深掘りしませんが、薬局では調べる中身に特徴があります。売り手としては、聞かれる前に資料をそろえることが、価格の見直しを防ぐいちばんの方法です。

表の中でも、医療機関との「特別な関係」は薬局特有の論点です。令和8年度改定の個別改定項目でも、調剤基本料3のイの判定に「不動産取引等その他の特別な関係」が入り、特別調剤基本料Aの対象も見直されています。物件を医療機関の関係者から借りている、医療機関に何らかの便宜を図っている、といった事情は、買い手にとって収入の前提を変える情報です。

• 買い手に開示する時期：秘密保持契約を結んだあと、企業概要書や質問への回答の段階で示すのが通常です
• 表明保証との関係：最終契約で「算定に誤りがない」などと保証する場合、範囲と期間で売却後の責任が変わります（表明保証の記事で詳しく扱っています）
• 経営者保証：薬局の借入れに社長個人の保証が付いていれば、外す段取りを最終契約に入れます（経営者保証の解除）

09薬局のM&Aの手数料と、支払いの段取り

手数料の体系は業種を問わず会社ごとに違い、薬局だけの決まりはありません。ただし、薬局のM&Aは1店舗の小さな案件が多いため、最低報酬の有無が負担を大きく左右します。各社の料金表の比べ方はM&Aの手数料は誰が払うかで扱っているので、ここでは計算の形だけ確かめます。

薬局に特化した支援の例もあります。エムスリーキャリアの調剤薬局向け事業承継・M&A支援サービスの資料（2023年9月掲載）は、仲介料を成功報酬のみとし、売り手は0円、買い手は最低手数料300万円と示しています。このように売り手の負担を軽くし、買い手の負担で成り立たせる体系もあれば、売り手・買い手の双方から最低報酬を取る体系もあります。

買い手側の資金：買収代金と手数料が同じ時期に重なる

薬局を買う側は、譲渡代金に加えて、手数料、在庫の買取り、事業譲渡なら新しい許可の取得などの資金が同じ時期に必要です。融資を使う場合は日本政策金融公庫の融資も選択肢になります。仲介会社やFAへの報酬については、分割で払う方法もあります。

PD for M&Aでは、M&A支援会社は報酬を早期に資金化でき、未回収はPROTOCOLが保証します。ご利用は法人のお客様が中心です。詳しくはPD for M&Aのページで紹介しています。

10まとめ：調剤薬局のM&Aを進める手順と、売る前の確認リスト

ここまでの内容を、売り手が動く順番に並べます。薬局のM&Aは、価格の話と手続きの話が同時に進むのが特徴です。手続きの都合で日程が決まり、その日程が価格の条件に跳ね返ることもあります。

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   1. 自分の薬局の数字を整理

   月別・医療機関別の受付回数、集中率、技術料の内訳、施設基準の届出、在庫、薬剤師の一覧

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   2. 取引の形を決める

   会社ごと売る株式譲渡か、事業だけ売る事業譲渡か。個人薬局なら事業譲渡が通常

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   3. 支援先を選ぶ

   手数料の体系（最低報酬・売り手無料かどうか）と、薬局の取引の経験を確認

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   4. 買い手候補の条件を比べる

   譲渡額に加え、買い手グループの受付回数と調剤基本料の見込み、薬剤師の処遇

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   5. 日程を逆算する

   事業譲渡なら遡及指定の要件と予定届出の期限（類型③は3か月前）から

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   6. 最終契約とクロージング

   調剤録の承継、表明保証の範囲、経営者保証の扱い、変更届・指定の手続き

• 価格は売上ではなく、技術料と、その技術料が買い手のもとで続くかで決まる
• 大きなグループに売ると、集中率の高い薬局は調剤基本料が47点から25点・20点に下がる場合がある
• 株式譲渡なら許可・指定は続き変更届、事業譲渡なら新しい許可と指定（遡及指定の要件を確認）
• 手数料は最低報酬の有無で大きく変わる。成約時の支払いの段取りも早めに決めておく

全体の流れはM&Aの流れ、支援会社が登録制度に入っているかはM&A支援機関の登録制度で確かめられます。手数料の支払い方について相談したい場合は、お問い合わせからご連絡ください。